Herøy kommune er organisert som en to-nivåkommune. Det vil si at lederne av de ulike enhetene i kommunen er direkte underlagt kommunedirektøren.
Kommunenes høyeste administrative organ er kommunedirektørens ledergruppe, som består av:
- Kommunedirektør - Henrik Skovly
- Kommunalsjef helse, omsorg og integrering - Siv Nilsen
- Kommunalsjef oppvekst og kultur - Caroline Asphaug
- Kommunalsjef miljø og kommunalteknikk - Morten Hanssen
- Stabs- og HR-sjef - Elisabeth Ludviksen Johansen
- Enhetsleder for Herøy barnehage - Line Olsen
- Enhetsleder for Herøy skole - Lars Olav Mogård-Larsen
- Enhetsleder for hjemmetjenesten - Wenche Sæthre Jørgensen
- Enhetsleder for miljøtjenesten - Maja Angel Gjengaar
- Enhetsleder for institusjon - Marit Reitan Kjemsås
Kommunedirektørens ledergruppe har faste møter minst en gang per måned.